L'histoire de Zone of the Enders se déroule au xxiie siècle. L'humanité a colonisé la planète Mars ainsi que des satellites de Jupiter. La découverte sur Callisto d'un précieux minerai, le Metatron, a été le fondement de ce développement spatial. Cette expansion s'est accompagnée du développement des LEV (« Laborious Extra-orbital Vehicle »), des mechas utilisés à des fins industrielles ou militaires.

Avec le temps, le pouvoir terrien impose des lois de plus en plus restrictives envers les habitants des colonies, surnommés les « Enders » (« les habitants du bout du monde »). Des groupes d'activistes indépendantistes se constituent, au premier rang desquels se trouve l'armée de Bahram. Aux actions terroristes sanglantes, le pouvoir oppose une répression aveugle. Dans cette surenchère de violence, qui dépasse le clivage classique du bien et du mal, l'apparition de deux Orbital Frames[Quoi ?] va avoir un rôle décisif. Développées par Bahram et le NUT (« Nureidum Universal Technology ») sur la colonie d'Antilia (près de Jupiter), ces machines de guerre révolutionnaires sont fondées sur une exploitation avancée du Metatron. Informées du complot et conscientes de la menace représentée par les deux Orbital Frames, les Nations unies vont alors prendre le contrôle militaire de la colonie.

Quelques mois plus tard, prête à tout pour récupérer les machines, l'armée de Bahram lance une attaque massive sur la colonie. Surpris par les feux meurtriers qui s'abattent sur sa cité, le jeune Leo Stenbuck cherche un endroit pour se protéger. En se réfugiant dans un entrepôt, il fait la découverte d'un Orbital Frame, le Jehuty…