X-Men: Mutant Academy 2 est un jeu de combat 2.5D où les personnages et les environnements sont modélisés en 3D, mais le gameplay est restreint à un plan 2D. Les joueurs peuvent sélectionner parmi plusieurs héros et méchants de la franchise X-Men et utiliser de nombreux mouvements signature des comics. Le jeu propose également un aperçu des esquisses de concepts, des costumes et d\'autres matériaux du film X-Men. Il offre quatre modes de jeu : Academy Training, Arcade, Versus et Survival.